Bakterie występują w postaci tak zwanego osadu czynnego lub w formie błony biologicznej. Pierwszy etap to oczyszczanie mechaniczne, czyli pozbywanie się substancji nierozpuszczalnych w wodzie. Wykorzystuje się tu procesy takie jak filtrowanie, sedymentacja, flotacja, czy cedzenie.
Tak przygotowany materiał jest odpowiednio napowietrzany, aby bakterie tlenowe miały optymalne warunki do pracy, zwanej spalaniem na mokro. Ze względu na sporą ilość gazów, które są produktami utleniania, ścieki na tym etapie muszą być mieszane i przewietrzane.
Na kolejnym etapie odbywa się osadzanie masy mikroorganizmów biorących udział w procesie. Bakterie mogą być ponownie wykorzystane przez biologiczne oczyszczalnie ścieków, natomiast to co pozostaje po oddzieleniu osadu czynnego, to już oczyszczone ścieki. Które przed odprowadzeniem będą jeszcze klarowane i filtrowane.